Im Sommer 1936 begannen 50 Schutzhäftlinge aus dem KZ Esterwegen, denen nach kurzer Zeit Häftlinge aus den KZs Columbiahaus-Berlin und Lichtenburg folgten, im Forst bei Oranienburg mit dem Aufbau des „Konzentrationslagers für die Reichshauptstadt“. Der Bau folgte einem Konzept der „Systematisierung der Gewalt nach innen“ und einer „Abschottung nach außen“. Im Jahr 1938 wurde die Inspektion der Konzentrationslager (IKL) hierher verlegt, wodurch diese KZ eine Leitfunktion erhielt. Hier wurden neue Behandlungsvorschriften für die Häftlinge, wie auch neue Mordtechniken erprobt.
Häufigen Besuchergruppen der NS-Führung, von Regierungsstellen, der Wehrmacht, der Wirtschaft wie auch ausländischen Gästen wurde demonstriert, dass die Behandlung hart aber korrekt sei.
In den Jahren vor dem Kriegsbeginn waren hier politische „Schutzhäftlinge“, von der Kriminalpolizei eingewiesene „Vorbeugungshäftlinge“, ab dem Jahr 1938 Menschen unter der Nazi-Bezeichnung „asozial“ und „arbeitsscheu“ eingesperrt. Nach dem Novemberprogrom 1938 wurden annähernd 6 000 Juden eingeliefert, die besonders drangsaliert und unter extremen Bedingungen im neu errichteten „kleinen Lager“ eingepfercht wurden. Waren im Juni 1938 9.200 Häftlinge, wuchs die Anzahl der Insassen zum Jahresende 1939 auf 9200, zum Jahres-ende 1940 auf 10577, Januar 1944 auf 28 238 und nach Transporten aus östlichen KZs am 31.01.1945 auf 56.824.
Mit der Errichtung des „Großziegelwerkes“ der SS-eigenen Deutschen Erd- und Steinwerke (DESt) im gleichen Jahr, in dem Häftlinge schwere körperliche Arbeit bei geringer Ernährung und ständigen Brutalitäten der Wachmannschaften ausführen mussten, begann die Ausbeutung der Arbeitskraft der Inhaftierten durch die SS.
Mit dem Beginn der Aggressionspläne der Nazis wurden immer mehr ausländische Menschen nach Sachsenhausen verschleppt. Im November 1939 1.200 tschechische Studenten und 183 Professoren der polnischen Jagiellonen-Universität Krakow. Ihnen folgten Niederländer, Belgier, Franzosen, Jugoslawen, Skandinavier. In einem gesonderten Teil des Lagers wurden Prominente, wie der österreichische Bundeskanzler Schuschnigg und der ehemalige französische Ministerpräsident Leon Blum, interniert.
Ab August 1941 trafen Kriegsgefangene der Roten Armee bereits halbverhungert und entkräftet im Lager ein. Etwa 11000 Rotarmisten wurden sofort ermordet.
Mit dem Einsatz von KZ-Häftlingen ab Februar 1941 zur Arbeit in den Heinkel-Flugzeugwerken begann die systematische Sklavenarbeit in deutschen Rüstungsbetrieben.
In der Folge entstand ein Netz von über 100 Außenlagern bzw. -kommandos bei Firmen, Wehrmachts- bzw. SS-Dienststellen oder anderen staatlichen Stellen in Berlin und Brandenburg.
Eine Kommission der Gestapo untersuchte ab Mai 1944 Schiebereien der Lager-SS . In deren Folge im Oktober 1944 27 Häftlinge, unter ihnen prominente ehemalige KPD-Politiker, erschossen wurden. Weitere 103 Häftlinge wurden in das KZ Mauthausen verlegt.
Als sich die Niederlage der Wehrmacht im Krieg abzeichnete, begann die SS-Führung mit der Planung der Ermordung der Häftlinge. Anfang Februar 1945 wurden alle nicht gehfähigen Häftlinge, zumeist Juden, des Außenlagers Lieberose ermordet. Die Gehfähigen wurden in Eilmärschen, bei Übernachtung im Freien von Lieberose über Potsdam nach Sachsenhausen getrieben, wo die meisten ermordet wurden. Weitere Mordaktionen richteten sich gegen 200 „gefährliche“ Häftlinge, unter ihnen 40 sowjetische Offiziere und 19 luxemburgische Polizei-beamte. Am 20.April 1945 wurden etwa 33.000 Häftlinge in 500er Gruppen in Todesmärschen in Richtung des verbliebenen Machtbereiches nach Nordwesten bis in die Gegend bei Wittstock – Wöbbelin getrieben, wo die SS-Wachmannschaften sich am 1.Mai 1945 absetzten.
Gegen 11.00 Uhr am 22. April 1945 befreite die 2. Infanteriedivision „Jan Hendrik Dabrowski“ der 1. Polnischen Armee, welche im Bestand der 1. Belorussischen Front kämpfte, gemeinsam mit Vorauskräften der 47. Armee die im Lager zurückgebliebenen Häftlinge.
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