In den letzten Wochen des Krieges, insbesondere im April 1945 war Neumünster wegen seiner Bedeutung als Bahnknotenpunkt und Industriestadt mehrfach das Ziel alliierter Bomberangriffe. Fast 600 Menschen kamen dabei ums Leben.
Am 15. April 1945 wurden etwa 750 KZ-Häftlinge und Kriegsgefangene von SS-Wachmannschaften durch Neumünster getrieben. Nach unvollständigen Angaben wurde dabei in Neumünster-Einfeld ein KZ-Gefangener auf offener Straße von SS-Männern erschossen. Zwei weitere Gefangene wurden in Mühbrook ermordet.
Am 3. Mai 1945 war Neumünster befreit; die Stadt wurde kampflos an britische Truppen übergeben.
70 Menschen jüdischen Glaubens wurden in Neumünster, der Heimatstadt des NSdAP-Gauleiters für Schleswig-Holstein, Hinrich Lohse, drangsaliert, z.T. verschleppt und umgebracht. Auch die beiden Kommunisten Christian Heuck und Rudolf Timm erlebten die Befreiung nicht mehr; sie wurden Anfang April 1934 im Gefängnis ermordet.