Am Ende des 2. Weltkrieges richteten alliierte Bombenangriffe, besonders im Februar und März 1945, zahlreiche Zerstörungen in Jena an. 709 Menschen verloren dabei ihr Leben, 2000 wurden schwer verletzt. Das schwerste Bombardement erfolgte am 19. März 1945. Beim Beschuss durch US-amerikanische Artillerie am 11. April 1945 starben 40 Menschen.
Am 13. April 1945 besetzten US-amerikanische Truppen kampflos die Stadt.
Bei Kriegsende waren große Teile der Stadt zerstört. 1424 Wohnungen und 140 Geschäfts- und Warenhäuser waren total vernichtet, 4743 Wohnungen schwer beschädigt. Jena war nach Nordhausen die am meisten zerstörte Stadt in Thüringen.
Am 1. Juli 1945 zogen Einheiten der Roten Armee in die Stadt ein und Jena wurde Teil der Sowjetischen Besatzungszone.